В состав постоянной реставрационной комиссии Ученого совета входили известные архитекторы, историки, археологи, инженеры, искусствоведы: академики И.В.Рыльский, Н.В.Жолтовский, И.Э.Грабарь, С.В.Бахрушин; профессора А.В. Арциховский, П.В.Щусев, В.Н.Кононов, В.И.Лебедев, Н.Н.Соболев, В.П.Зубов, В качестве консультантов постоянно привлекались инженеры — С.Н.Бобин, Б.А.Смоляк, Н.А.Бруханский, И.Г.Сенатов; профессора — Д.И.Киплик, Г.А.Новицкий, А.Г.Габричевский; генерал-лейтенант Д.М.Карбышев, специалист по прикладному искусству профессор Ф.Я.Мишуков. Для проведения реставрационных работ специалистов явно не хватало. В 1939—1941 гг. в работах под руководством И.В.Трофимова участвовали 22 студента-практиканта из Всероссийской Академии художеств и Московского архитектурного института.

Особенно сложным положение с кадрами было в военные и послевоенные годы. В 1945 г. здесь было открыто художественно-ремесленное училище с 3-х летней программой обучения, где готовили мастеров реставрационного дела шести специальностей: белокаменщиков, каменщиков, лепщиков, плотников, столяров-краснодеревщиков и реставраторов живописно-фресковых работ.

Директором училища в 1945—1950 гг. был В.И.Балдин. Наличие специалистов позволяло развернуть работы широким фронтом. Работы по возрождению ансамбля Троице-Сергиевой лавры в 1938—1950 гг. стали значительным по своим итогам этапом реставрации, определившим направление и объем работ на многие последующие годы. В 1950—1963 гг. Центральными научно-реставрационными мастерскими Академии архитектуры СССР были продолжены исследования и реставрация ансамбля Троице-Сергиевой лавры. Архитекторами В.И. Балдиным и А.Г. Устиновым был предложен комплексный проект реставрации (1963).

Созданию проекта предшествовали изучение описных и архивных материалов, тщательное обследование каждого памятника, обмеры, раскрытия. Они выявляли первоначальный облик и последующие изменения, позволяли проследить закономерности формирования ансамбля. Проект предусматривал его освобождение от всего случайно внесенного, подчеркивал композиционные особенности. При реставрации отдельных памятников не ставилась задача непременного возвращение каждому из них первоначального облика. Реставрация рассматривалась с точки зрения положения памятника в ансамбле, с учетом взаимосвязей его с другими сооружениями. Проведенный В.И. Балдиным анализ поэтапного развития ансамбля давал исчерпывающее представление об объемно-планировочной структуре, силуэтном и цветовом решении, композиционных связях с городом.