Зримым отражением научно-исследовательской работы музея является издательская деятельность, в которой можно выделить несколько периодов. Первый (1919-1927) связан с Комиссией по охране памятников старины и искусства Троице-Сергиевой лавры, когда были опубликованы первые научные описи древних лаврских коллекций, а также статьи об отдельных памятниках и мастерах. Второй (1955-1969) отмечен изданием сборников «Сообщения Загорского музея» (СЗМ. Загорск, 1955, 1958, 1960), первого фундаментального каталога (Николаева Т.В. Произведения мелкой пластики XIII-XVII вв. в собрании Загорского музея. – Загорск, 1960), монографии коллектива авторов «Троице-Сергиева Лавра. Художественные памятники» (М., 1968). Издания третьего периода (1970 - 1990) отражают приоритетное направление научной работы коллектива – каталогизацию коллекций. В этот период было опубликовано около 30 каталогов. С 1990 года музей возобновил выпуск сборников научных «Сообщений». Издания четвёртого периода (1990 - по настоящее время) включают в себя как традиционные: монографии, каталоги, так и реализацию совместных проектов с различными музеями и издательствами. С 1990 года музей возобновил выпуск сборников научных «Сообщений». С 2000 года начинается издание материалов международных конференций «Троице-Сергиева лавра в истории, культуре и духовной жизни России». Среди изданий последних лет большое место занимают каталоги временных выставок, устраиваемых как в самом музее, так и вне его. Значительная часть изданий приходится на разного рода научно-просветительную литературу: путеводители, проспекты, буклеты по музею, отдельным экспозициям и выставкам, краеведческая серия брошюр, знакомящая с памятниками архитектуры, знаменательными событиями и историческими местами Сергиево-Посадского края. В 2009 году была издана книга "Сергиев Посад. Взгляд сквозь века" к 90-летнему юбилею музея. Презентация книги "Сергиев Посад. Взгляд сквозь века"