Экспедиции, проводившиеся с 1953 г. по сбору предметов народного искусства и художественных промыслов, по обследованию церквей, археологические (с 1980-х гг.) дали богатейшие поступления разнообразных экспонатов, отсутствовавших прежде в музейном собрании. В настоящее время ежегодно организуются 1-2 экспедиции, которые добавляют к коллекции от 300 до 600 предметов.

Исследовательская работа коллектива находит свое выражение в регулярно проводимых конференциях, на которых обычно происходит первая публикация работ научного коллектива. В настоящее время конференции по различной тематике проводятся ежегодно. Международное признание получили такие конференции, как «Каменный век европейских равнин» (1997), «Троице-Сергиева Лавра в истории, культуре и духовной жизни России» (1998, 2000, 2002, 2004, 2006, 2008, 2010, 2012), «Народная культура и православие» (2003).

Доклады, зачитываемые на конференциях, и составляют основу сборников научных «Сообщений», возобновленных музеем с 1990 г. Были изданы: «Древнерусское и народное искусство» (М., 1990); «Сергиево-Посадский музей-заповедник. Сообщения 1995» (М., 1995), «Русское народное искусство. Сообщения 1996» (М., 1998), «Труды по истории Троице-Сергиевой Лавры» (М., 1998), «Сергиево-Посадский историко-художественный музей-заповедник. Сообщения 2000» (М., 2000), «Сергиево-Посадский историко-художественный музей-заповедник. Сообщения 2005» (М., 2005). К 90-летию музея вышел юбилейный сборник сообщений («Сергиево-Посадский историко-художественный музей-заповедник. Сообщения 2010» (Сергиев Посад, 2010) и т.д. Значительное число различных сообщений, докладов печатается сотрудниками музея в сборниках известных исследовательских учреждений.