Клуб «Юный археолог» для старшеклассников работает при археологическом отделе музея с 1983 года. В программе занятий – углубленное изучение истории археологических открытий, основных памятников как отечественной, так и зарубежной археологии, изучение вспомогательных исторических дисциплин: нумизматики, палеографии, хронологии, метрологии, фалеристики, геральдики, антропологии, топонимики.
Археологическая экспедиция Сергиево-Посадского музея-заповедника (Загорская археологическая экспедиция, ЗАРЭ) проводит археологические исследования на территории Московской области с 1984 года. С 1990 года в музее существует археологический сектор, а затем - археологический отдел (зав. – к.и.н. В.И.Вишневский). Цели экспедиции: обследование археологических памятников района и прилежащих территорий, формирование собрания археологических коллекций в музее и разработка экспозиций. Многие полевые работы экспедиции проводятся силами школьников – членов клуба «Юный археолог».
За период работы экспедиции была обследована разведками большая часть района (открыто 120 новых памятников), раскопками были изучены: городище, посад и могильник средневекового города Радонежа, Кикинское городище раннежелезного века на р.Веле, Хотьковский монастырь, селище и древнерусский курганный могильник у с.Веськово на Плещеевом озере, стоянки каменного века Замостье-2 и Окаёмово-18 на реке Дубне.
Также проводились раскопки: Кузьминского средневекового могильника, Максимковского селища раннежелезного века на реке Клязьме, городища, посада и могильника средневекового города Вышегорода-на-Яхроме, средневекового селища Николо-Перевоз на реке Дубне, Кузьминского курганного могильника, Воскресенского монастыря на р. Рассоловке, Ратьковского финно-угорского раннесредневекового могильника на реке Дубне, посада средневекового Переславля-Залесского, в Троице-Сергиевой-Лавре.
Знакомство с археологией проходит на лекциях в клубе, на экскурсиях в музеях Москвы и Московской области, в лабораториях музея, в полевых лагерях археологической экспедиции. На лабораторных занятиях слушатели знакомятся с методикой музейного описания археологических коллекций, их обработкой и реставрацией.