Участие музея в долгосрочной межрегиональной программе «Мы - Россияне», разработанной для молодежи Калининградской области, потребовало новых форм экскурсий. Были освоены технологии синхронного приема и распределения потока экскурсионных групп, созданы программы, сочетающие традиционную экскурсию с интерактивным занятием. Это позволило сделать знакомство учащихся с достопримечательностями и историей Радонежской земли и национальными традициями и культурой центральной России в целом увлекательным и запоминающимся.

В целях успешной реализации новых задач в 1999 году был создан отдел музейной педагогики, призванный обеспечить тесное взаимодействие с системой образования. Педагоги музея при активном участии научных сотрудников и экскурсоводов разработали образовательные программы для разных возрастных групп. Для детей младшего школьного возраста – это специальные циклы экскурсии и занятий в игровой форме с выполнением экскурсантами творческих заданий, что помогает детям полнее усвоить предлагаемый материал. Учитывая возрастные особенности детей, музейными педагогами было разработано несколько тематических экскурсий: «В гостях у домовенка Прошки», «Мы ищем клад», «Чудесные превращения», «Как русские дети в Троице ходили» и др.

Для детей младшего возраста и их родителей организован воскресный историко-эстетический клуб, который работает уже в течение 10 лет. Программа клуба рассчитана на 4 года. Занятия проводятся в экспозициях музея, в художественных мастерских, в музеях Москвы и Подмосковья. Атмосфера занятий способствует сближению родителей с детьми, выработке общих интересов, получению не только знаний по истории и искусству, но и воспитанию эстетического вкуса.

Для учащихся 6-8 классов разработана образовательная программа «Этот город – самый лучший на земле», для студентов – «Живое наследие», для преподавателей учебных заведений города и района – «Историческое краеведение». Особой формой работы стала районная олимпиада, которая выросла из программы по историческому краеведению для учащихся 6-8 классов. Она организуется с 2001 года совместно с Департаментом по образованию г. Сергиева Посада. Тщательно продуманная методика мероприятия, система подготовки и проведение заключительного этапа обязательно в музее, с поощрением всех участников превратили его в яркий и волнующий праздник.